内蒙古扎敦水利水电有限责任公司成立于 2012 年5月，注册资本为65333.33万元，是国有股份制企业，内蒙古水务投资集团有限公司占股60%，牙克石市城市基础设施投资有限责任公司占股1.53%，呼伦贝尔市免渡河林业局占股10%，呼伦贝尔水务投资有限责任公司占股0.92%国开发展基金有限公司27.55%。
公司成立初期以扎敦水利枢纽工程的建设为主，待工程建成后转入正常的运营管理。在工程建设期间，根据业务性质和实际工作需要，公司内设五个职能部门，即工程建设管理部、经营管理部、资产财务部、发电送变电管理部、综合管理部。公司现有在职员工16人。待公司转入运营管理以后，再根据实际工作需要调整公司内设机构。
